Folding@Home


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Folding@Home est un projet de calcul réparti.

Son but est d'étudier le repliement de protéine dans diverses configurations de température et de pression afin de mieux comprendre ce processus et d'en tirer des connaissances utiles qui pourraient, entre autres, permettre de fabriquer de nouveaux médicaments, notamment contre la maladie d'Alzheimer, la drépanocytose et certains types de cancers.

Le responsable du projet est Vijay S. Pande, de l'université américaine de Stanford.

L'étude est effectuée par un moteur que chacun peut installer sur son ordinateur (sous Windows, Linux, Mac OS ou PlayStation 3 , en ligne de commande ou en mode graphique, sous forme d'un écran de veille). Pour des raisons de sécurité, le code source de ce logiciel n'est pas diffusé. En effet, dans le cas contraire, n'importe qui serait en mesure de fausser le projet en communiquant de fausses molécules aux serveurs.

Chaque configuration de protéine occupe le processeur client quand il n'est pas utilisé. Cela ne donne donc lieu à aucun ralentissement de la machine. Chaque calcul dure de 4 à 200 heures environ, selon la configuration matérielle.

Ce projet était soutenu par Google, qui avait intégré dans la Google Toolbar, sous Windows, un bouton permettant de lancer ou stopper le processus et informe sur son état d'avancement.

Folding@Home est organisé par une institution à but non-lucratif (le Pande Group de la Stanford University's Chemistry Department), ce qui est une garantie que les résultats des calculs seront accessibles aux chercheurs et autres scientifiques du monde entier.

Sommaire

Exemples

Console de Linux

Voici ce qu'affiche le logiciel en mode console, sous Linux :

Note: Please read the license agreement (FAH504-Linux.exe -license). Further 
use of this software requires that you have read and accepted this agreement.


--- Opening Log file [June 25 19:20:17] 


 # Linux Console Edition #######################################################
 ###############################################################################

                       Folding@Home Client Version 5.04

                          http://folding.stanford.edu

 ###############################################################################
 ###############################################################################

Launch directory: /home/*****/temp/FAH
Executable: ./FAH504-Linux.exe


[19:20:17] - Ask before connecting: No
[19:20:17] - User name: *****
[19:20:17] - User ID: *****
[19:20:17] - Machine ID: 1
[19:20:17] 
[19:20:17] Loaded queue successfully.
[19:20:17] + Benchmarking ...
[19:20:21] 
[19:20:21] + Processing work unit
[19:20:21] Core required: FahCore_78.exe
[19:20:21] Core found.
[19:20:21] Working on Unit 03 [June 25 19:20:21]
[19:20:21] + Working ...
[19:20:21] 
[19:20:21] *------------------------------*
[19:20:21] Folding@Home Gromacs Core
[19:20:21] Version 1.80 (March 16, 2005)
[19:20:21] 
[19:20:21] Preparing to commence simulation
[19:20:21] - Looking at optimizations...
[19:20:21] - Files status OK
[19:20:23] - Expanded 3079410 -> 18750117 (decompressed 608.8 percent)
[19:20:23] 
[19:20:23] Project: 1477 (Run 9, Clone 33, Gen 0)
[19:20:23] 
[19:20:23] Assembly optimizations on if available.
[19:20:23] Entering M.D.

  Gromacs is Copyright (c) 1991-2003, University of Groningen, The Netherlands
        This inclusion of Gromacs code in the Folding@Home Core is under
        a special license (see http://folding.stanford.edu/gromacs.html)
         specially granted to Stanford by the copyright holders. If you
          are interested in using Gromacs, visit www.gromacs.org where
                you can download a free version of Gromacs under
         the terms of the GNU General Public License (GPL) as published
       by the Free Software Foundation; either version 2 of the License,
                     or (at your option) any later version.

[19:20:48] (Starting from checkpoint)
[19:20:48] Protein: p1477_release31_0
[19:20:48] 
[19:20:48] Writing local files
[19:20:48] Completed 74640 out of 125000 steps  (60%)
[19:20:54] Extra SSE boost OK.
[19:20:58] 
[19:20:58] Folding@home Core Shutdown: INTERRUPTED
[19:20:58] CoreStatus = 66 (102)
[19:20:58] + Shutdown requested by user. Exiting.
Folding@Home Client Shutdown.

Windows, mode graphique

Sous Windows, en mode graphique, sous forme d'écran de veille :

À droite, la représentation de la protéine et à gauche diverses données sur l'avancement du calcul et le nom de la protéine, tout comme le pseudo de l'utilisateur et le nombre de protéines étudiées.


Folding fonctionne aussi avec les GPU ATI (X18xx, X19xx, HD 2xxx,HD 3xxx et HD 4xxx) et les GPU Nvidia (GeForce 8xxx, GeForce 9xxx et GeForce GTX 2xx).

Sous Windows, dans la Google Toolbar

Sous Windows, dans Internet Explorer, une icône Folding@home pouvait être incluse dans la Google Toolbar. Un menu était accessible via cette icône. Il permettait de mettre en pause le calcul, le paramétrer ou encore accéder aux statistiques.

Google a maintenant cessé d'inclure cette fonctionnalité dans sa Google Toolbar.

PlayStation 3

Totalisation de la puissance de calcul des 500 meilleurs supercalculateurs mondiaux de 1993 à 2008. Source : TOP500.
Puissance de calcul des 500 meilleurs supercalculateurs mondiaux en novembre 2008 par pays ainsi que la puissance du calcul partagé.

La puissance de calcul et l'accès aux réseaux de la PlayStation 3 ont inspiré l'université Stanford qui coopère avec Sony pour que la PS3 participe à Folding@Home sous le nom de cure@PS3.

Le projet a été lancé le 23 mars 2007 (jour du lancement européen de la console) sous forme d'une mise à jour. Le 25 mars, plus de 30 000 PS3 avaient déjà renvoyé des unités de calcul et la puissance totale de calcul de Folding@home atteignait les 952 TéraFLOPS, dont 697 pour les PS3. Folding@Home a atteint le PétaFLOPS (1015 opérations par seconde) en septembre 2007 [1].

Références

  1. Mark Whiting, Folding@Home Breaks the PetaFLOP Barrier, 20/09/07. (date de la consultation : 24/09/07)[1]

Voir aussi

Liens internes

Liens externes

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Contenu soumis à la licence CC-BY-SA. Source : Article Folding@Home de Wikipédia en français (auteurs)


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