Arbre phylogenetique du vivant (suite 2)

Eubacteria (classification phylogénétique)

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Eubacteria (ou Bacteria, ou encore Bactéries), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existant entre les différents organismes vivants ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici.

Ce cladogramme présente aussi bien les groupes encore représentés aujourd'hui que ceux qui sont éteints (incluant les groupes fossiles).

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.

Le symbole renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.


Sommaire

Arbre phylogénétique

Les avis des spécialistes restent très divergents sur la phylogénie des Procaryotes. En ce qui concerne les taxons bactériens de niveau supérieur, l'arbre ici présenté suit globalement les dernières propositions de Thomas Cavalier-Smith. L'ancêtre "universel" n'est plus conforme à l'hypothèse "LUCA", puisque les Archées et les Eucaryotes s'enracinent non pas dans la même origine que les Eubactéries, mais au sein de celles-ci, longtemps après leur apparition. Les Eubactéries ne forment donc pas, dans cette hypothèse, un groupe naturel (un clade monophylétique), mais le plus ancien grade évolutif connu ayant encore des représentants dans la nature actuelle.


 ▲
 ├─o Chlorobacteria ou Chloroflexi
 └─o
   ├─o Hadobacteria ou Deinococci
   └─o Glycobacteria (paraphylétique)
     ├─o Cyanobacteria
     │ └─o chloroplastes s.l.
     └─o
       ├─o Gracilicutes
       │ ├─o Spirochaetes
       │ └─o
       │   ├─o Sphingobacteria
       │   └─o Exoflagellata
       │     ├─o Planctobacteria
       │     └─o Proteobacteria
       │       └─o mitochondries
       └─o
         └─o Posibacteria (paraphylétique)
           ├─o Endobacteria
           │ ├─o Mollicutes
           │ └─o Firmicutes s.s.
           └─o Actinobacteria (paraphylétique)
             └─o Neomura
               ├─o Eukaryota 
               └─o Archaebacteria ou Archaea 

Débat scientifique relatif à la phylogénie des Eubacteria

L'un des enjeux majeurs est évidemment ici la place de la racine de l'arbre universel.

  • La théorie de Thomas Cavalier-Smith est celle de l'apparition des « Neomura » au sein des Actinomycetales, tardivement (900 millions d'années), eux-mêmes se différenciant en Archaebacteria et Eukaryota.
  • Comme lui, Gupta reconnaît la proximité des Archaea et des bactéries Gram +, mais à partir de l'analyse des séquences des protéines, il pose la conclusion inverse : ces deux groupes sont proches de l'origine commune, les bactéries Gram - sont plus récentes et donc monophylétiques (les Didermata). Il postule par ailleurs que la cellule eucaryote provient d'une symbiose entre un éocyte (crénarchée) et une protéobactérie.
  • Plus proches du premier, Skophammer et alii trouvent les Archées à proximité des Bacilles, au sein des Firmicutes, mais placent eux aussi la racine de l'arbre de la vie au sein des Didermata.

Classification d'après le Bergey's

Cette classification, communément admise, identifie 24 phyla réputés monophylétiques, mais ne se prononce pas sur des regroupements entre eux. Dans les notes du « Taxonomic Outline », certains rapprochements, ou classements douteux, sont suggérés.

Classification selon Cavalier-Smith

Cette classification n'est pas strictement phylogénétique, l'auteur ayant la conviction que, pour être utilisable et pédagogique, elle doit maintenir des grades évolutifs, dont seuls les plus récents sont « holophylétiques ».

Arbre simplifié selon Gupta

Cet arbre est l'inverse du précédent, la différence tenant essentiellement à l'emplacement de la racine : ici au sein des bactéries Gram +. L'auteur a développé la phylogénie des α-protéobactéries et des actinobactéries.

Arbre résumé d'après Skophammer et al.

En savoir plus

Sources bibliographiques de référence

Autres sources bibliographiques

Sources internet

Liens internes

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