Archaea (classification phylogénétique)

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Archaea (Archaebacteria, Archébactéries, Archées), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa), telles que les dernières analyses reconnues les proposent. Ce n'est qu'une possibilité, et les principaux débats qui subsistent au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés ci-dessous, avant la bibliographie.

Sommaire

Arbre phylogénétique

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.

Le symbole renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.

Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré. Le symbole ... indique que le nœud qu'il désigne n'a pas (encore) reçu de nom reconnu par la communauté scientifique.


└─o Archaebacteria ou Archaea
  ├─o Thaumarchaeota
  │ ├─o Cenarchaeales
  │ ├─o Nitrosopumilales
  │ └─? Nitrosocaldales
  └─o
    ├─o
    │ ├─o Korarchaeota
    │ └─o Crenarchaeota ou Eocyta
    │   ├─o Thermoproteales
    │   │ ├─o Thermoproteaceae
    │   │ └─o Thermofilaceae
    │   └─o
    │     ├─o Sulfolobales
    │     └─o
    │       ├─? Fervidicoccales
    │       ├─o Acidilobales
    │       │ ├─o Caldisphaeraceae
    │       │ └─o Acidilobaceae
    │       └─o Desulfurococcales ou Igneococcales
    │         ├─o Desulfurococcaceae
    │         └─o Pyrodictiaceae
    └─o Euryarchaeota
      ├─? groupes "ARMAN"
      ├─o Nanoarchaeota
      ├─? Nanohaloarchaea
      └─o
        ├─o Thermococcales
        └─o
          ├─o
          │ ├─o Methanopyrales
          │ └─o
          │   ├─o Methanobacteriales
          │   │ ├─o Methanobacteriaceae
          │   │ └─o Methanothermaceae
          │   └─o Methanococcales
          │     ├─o Methanococcaceae
          │     └─o Methanocaldococcaceae
          └─o
            ├─o Thermoplasmatales ou Picrophilales
            │ ├─o Thermoplasmataceae
            │ └─o
            │   ├─o Picrophilaceae
            │   └─o Ferroplasmataceae
            └─o
              ├─o Archaeoglobales
              └─o
                ├─o Halobacteriales
                └─o Methanomicrobia
                  ├─o Methanosarcinales
                  │ ├─o Methanosarcinaceae
                  │ ├─o Methanosaetaceae
                  │ └─o Methermicoccaceae
                  ├─o Methanocellales
                  └─o Methanomicrobiales
                    ├─o Methanospirillaceae
                    ├─o Methanocorpusculaceae
                    └─o Methanomicrobiaceae

Débat scientifique relatif à la phylogénie des Archaea

Si, aujourd'hui, malgré la grande distance séparant les deux principales divisions archéennes, la monophylie du groupe semble acquise (contre l'enracinement des Eucaryotes au sein des Éocytes), la question controversée est celle de l'origine des bactéries méthanogènes : caractère apparu une seule fois tardivement (cf. Gao et Gupta), ou bien une seule fois à la base des Euryarchées (et perdu dans certains groupes ensuite), ou bien à plusieurs reprises. La découverte de nouvelles Archées qui ont vraisemblablement divergé à la base de l'arbre, ou des « nanoorganismes acidophiles archéens de la mine de Richmond » (dits ARMAN), permet de mieux entrevoir la diversité du groupe, en attendant une vue satisfaisante sur sa phylogénie.

Classification selon le Bergey's

Classification selon Cavalier-Smith

Classification selon Gao et Gupta

Cet arbre a été établi en fonction de la présence de certaines protéines spécifiques dans les différents groupes.

En savoir plus

Sources bibliographiques de référence

Autres sources bibliographiques

Sources internet

Liens internes



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