Eubacteria (classification phylogénétique)


Eubacteria (classification phylogénétique)

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Eubacteria (Bacteria, Bactéries ou Eubactéries), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations de parenté existant entre leurs différents groupes (ou taxa), telles que les dernières analyses reconnues les proposent. Ce n'est qu'une possibilité, et les principaux débats qui subsistent au sein de la communauté scientifique sont brièvement présentés ci-dessous, avant la bibliographie.

Sommaire

Arbre phylogénétique

Les avis des spécialistes restent très divergents sur la phylogénie des Procaryotes. On en a quelques exemples plus bas...

En ce qui concerne les taxons bactériens de niveau supérieur, l'arbre ici présenté suit globalement les dernières propositions de Thomas Cavalier-Smith. L'ancêtre "universel" n'est plus conforme à l'hypothèse "LUCA", puisque les Archées et les Eucaryotes s'enracinent non pas dans la même origine que les Eubactéries, mais au sein de celles-ci, longtemps après leur apparition. Les Eubactéries ne forment donc pas, dans cette hypothèse, un groupe naturel (un clade monophylétique), mais le plus ancien grade évolutif connu des êtres vivants cellulaires.

À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur.

Le symbole renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré.

Tout nœud de l'arbre portant plus de deux branches montre une indétermination de la phylogénie interne du groupe considéré. Le symbole ... indique que le nœud qu'il désigne n'a pas (encore) reçu de nom reconnu par la communauté scientifique.

 
 ├─o Chlorobacteria ou Chloroflexi
 ├─? Caldiserica
 └─o
   ├─o Hadobacteria ou Deinococci
   └─o Glycobacteria (paraphylétique)
     ├─o Cyanobacteria
     │ └─o chloroplastes s.l.
     └─o
       ├─o Gracilicutes
       │ ├─o Spirochaetes
       │ └─o
       │   ├─o Sphingobacteria
       │   └─o Exoflagellata
       │     ├─o Planctobacteria
       │     └─o Proteobacteria
       │       └─o mitochondries
       └─o
         └─o Posibacteria (paraphylétique)
           ├─o Endobacteria
           │ ├─o Mollicutes
           │ └─o Firmicutes s.s.
           └─o Actinobacteria (paraphylétique)
             └─o Neomura
               ├─o Eukaryota 
               └─o Archaebacteria ou Archaea 

Débat scientifique relatif à la phylogénie des Eubacteria

L'un des enjeux majeurs est évidemment ici la place de la racine de l'arbre universel.

  • La théorie de Thomas Cavalier-Smith est celle de l'apparition des « Neomura » au sein des Actinomycetales, tardivement (900 millions d'années), eux-mêmes se différenciant en Archaebacteria et Eukaryota.
  • Comme lui, Gupta reconnaît la proximité des Archaea et des bactéries Gram +, mais à partir de l'analyse des séquences des protéines, il pose la conclusion inverse : ces deux groupes sont proches de l'origine commune, les bactéries Gram - sont plus récentes et donc monophylétiques (les Didermata). Il postule par ailleurs que la cellule eucaryote provient d'une symbiose entre un éocyte (crénarchée) et une protéobactérie.
  • Plus proches du premier, Skophammer et alii trouvent les Archées à proximité des Bacilles, au sein des Firmicutes, mais placent eux aussi la racine de l'arbre de la vie au sein des Didermata.

Restent également d'autres questions au sein des principales divisions, par exemple dans les Firmicutes la vraisemblable apparition des Bacilles au sein des Clostridiens, et des Lactobacilles au sein des Bacilles.

Classification d'après le Bergey's

Cette classification, communément admise, identifie 24 phyla réputés monophylétiques, mais ne se prononce pas sur des regroupements entre eux. Dans les notes du « Taxonomic Outline », certains rapprochements, ou classements douteux, sont suggérés.

Classification selon Cavalier-Smith

Cette classification n'est pas strictement phylogénétique, l'auteur ayant la conviction que, pour être utilisable et pédagogique, elle doit maintenir des grades évolutifs, dont seuls les plus récents sont « holophylétiques ».

Arbre simplifié selon Gupta

Cet arbre est l'inverse du précédent, la différence tenant essentiellement à l'emplacement de la racine : ici au sein des bactéries Gram +. L'auteur a développé la phylogénie des α-protéobactéries et des actinobactéries.

Arbre résumé d'après Skophammer et al.

Arbre résumé d'après Wu et al.

Cet arbre est basé sur l'alignement de 31 gènes codant les protéines, largement conservés dans les différents groupes.

En savoir plus

Sources bibliographiques de référence

Autres sources bibliographiques

Sources internet

Liens internes


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