Phase ouverte de lecture

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Une phase ouverte de lecture, ou cadre ouvert de lecture, (en anglais open reading frame, ou ORF) est une séquence d'ADN débutant par un codon d'initiation et se terminant par un codon-stop. Entre ces deux codons, la phase ouverte de lecture contient un certain nombre de codons codant potentiellement une protéine.

On reconnaît le plus souvent les phases ouvertes de lecture codant des protéines par leur longueur. Le code génétique comportant 64 codons dont 3 codons-stop, la longueur moyenne d'une phase de lecture dans une séquence « aléatoire » est d'une vingtaine de codons. Les chaînes protéiques, dont la longueur moyenne est de 300 à 400 acides aminés, sont associées à des phases ouvertes de 300 à 400 codons, qui sont donc facilement reconnaissables par rapport au bruit de fond.

Description

Chaque séquence d'ARN peut contenir 3 phases de lecture décalées d'un nucléotide les unes par rapport aux autres (+1 ou -1). Sur l'ADN, il peut y avoir transcription en ARN de l'un ou l'autre des deux brins, ce qui conduit à un total de 6 phases de lecture.

La recherche des phases ouvertes a été facilitée par l'apparition d'outils bioinformatiques performants. Cette recherche est plus facile chez les procaryotes que les eucaryotes, les gènes de ces derniers étant composés d'une succession d'introns et d'exons.

Liens externes

• Projet EMBOSS - une interface web pour extraire les ORF d'une séquence génétique
• Bioinformatics.org - une interface web pour extraire les ORF d'une séquence génétique