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InterPro

InterPro

InterPro est une base de données intégrées de « signatures » de domaines et de signaux protéiques utilisée pour la classification et l'annotation automatique de protéines[1].

Interpro permet la classification des protéines en fonction de la présence de domaines fonctionnels, répétitions, et signaux grâce à une recherche automatisée dans plusieurs bases de données (CATH-Gene3D, HAMAP, PANTHER, Pfam, PIRSF, PRINTS, ProDom, PROSITE, SMART, SUPERFAMILY, TIGRFAMs).

Notes et références

  1. ↑ Hunter, S., Apweiler, R., Attwood, K., Bairoch, A., Bateman, A., Binns, D., Bork, P., Das, U. et al. (2009), « InterPro: the integrative protein signature database » (Free full text), Nucleic acids research 37 (Database issue): D211–D215. Publié en ligne le 21 octobre 2008.

Lien externe


v · Bio-informatique
Bases de données

Banques de séquences : GenBank, EMBL Nucleotide Sequence Database et DNA Data Bank of Japan (DDBJ)
Bases de données secondaires : UniProt, base de donnée de séquences protéiques regroupant Swiss-Prot, TrEMBL et Protein Information Resource (PIR)
Quelques autres bases de données : Protein Data Bank · Ensembl · InterPro
Bases de données génomiques spécialisées : Saccharomyces Genome Database, FlyBase, WormBase, The Arabidopsis Information Resource, Zebrafish Information Network
Algorithmes BLAST
Institutions Institut européen de bio-informatique (EBI) · National Center for Biotechnology Information (NCBI) · Institut suisse de bioinformatique · National Institute of Genetics
Séquençage · Alignement de séquences · Phylogénie moléculaire
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