Basic Local Alignment Search Tool
Page d'aide sur l'homonymie Pour les articles homonymes, voir Blast.
BLAST
Importez le logo de ce logiciel
Développeur Altschul S.F., Gish W., Miller E.W., Lipman D.J., NCBI
Dernière version 2.2.25 (15 mars 2011) [+/−]
Environnement Multiplate-forme
Type Outil bio-informatique
Licence Domaine public
Site web Serveur FTP de NCBI

BLAST (acronyme de basic local alignment search tool) est une méthode de recherche heuristique utilisée en bio-informatique permettant de trouver les régions similaires entre deux ou plusieurs séquences de nucléotides ou d'acides aminés. Ce programme permet de retrouver rapidement dans des bases de données, les séquences ayant des zones de similitude avec une séquence donnée (introduite par l'utilisateur)[1].

BLAST est utilisé pour trouver des relations fonctionnelles ou évolutives entre les séquences et peut aider à identifier les membres d'une même famille de gènes.

Sommaire

Historique

Ce programme a été développé par Stephen Altschul, Warren Gish et David Lipman au National Center for Biotechnology Information (NCBI). La publication originale parue en octobre 1990, Basic local alignment search tool [2], a été citée plus de 20 000 fois, ce qui en fait l'une des plus citées dans le monde scientifique.

Variations

Des données utilisées

Le terme blast peut être modifié en fonction de la nature de la séquence d'entrée, et de la base de donnée utilisée :

  • blast de nucléotides, séquence nucléique contre une base de données de séquences nucléiques ;
  • blast de protéines, séquence de protéine contre une base de données de séquences de protéines ;
  • blastx, séquence nucléique traduite en séquence de protéine contre une base de données de séquences de protéines ;
  • tblastn, séquence de protéine contre une base de données de séquences nucléiques traduites en séquences de protéines ;
  • tblastx, séquence nucléique traduite en séquence de protéine contre une base de données de séquences nucléiques traduites en séquences de protéines.

De l'algorithme

Depuis sa création, différentes versions de l'algorithme ont été développées :

  • BlastN, blast de séquences nucléiques, lent mais permet de retrouver des similarité localisées uniquement sur une partie des séquences ;
  • BlastP, blast de séquences de protéines ;
  • Megablast, rapide, permet de retrouver des séquences hautement similaires ;
  • PSI-Blast (position-specific iterated BLAST), Blast relancé plusieurs fois par itération. À chaque itération une séquence consensus est déterminée à partir des résultats, et utilisée comme séquence source pour l'itération suivante ;
  • PHI-BLAST (pattern hit initiated Blast), programme utilisant comme source une séquence protéique et un motif, celui-ci étant utilisé comme point de départ des recherches de similarité avec les séquences présentes dans les bases de données.

Notes et références

  1. Greg Gibson, Spencer V. Muse, Lionel Domenjoud, Raymond Cunin (trad. Lionel Domenjoud), Précis de génomique, De Boeck Université, 2004 (ISBN 2804143341), « 2 » 
  2. (en) SF Altschul, W Gish, W Miller, EW Myers et DJ Lipman, « Basic local alignment search tool », dans Journal of molecular biology, vol. 215, no 3, 5 octobre 1990, p. 403-10 [résumé (page consultée le 12 décembre 2008)] 

Voir aussi

Articles connexes

Liens externes



Wikimedia Foundation. 2010.

Contenu soumis à la licence CC-BY-SA. Source : Article Basic Local Alignment Search Tool de Wikipédia en français (auteurs)

Regardez d'autres dictionnaires:

  • Basic Local Alignment Search Tool — Abbreviated BLAST. A computer program that identifies homologous genes in different organisms (such as worms, the fruit fly, mice, and humans). Homologous genes are genes in different species that share similar structures and functions …   Medical dictionary

  • BlAST or Basic local Alignment Search Tool — 1. Набор методов для сравнения информации о последовательности аминокислот в белках или нуклеотидов в ДНК, используя все доступные базы данных по последовательностям нуклеотидов (сиквенсам). Он был создан для поиска в базе данных совпадений… …   Генетика. Энциклопедический словарь

  • Sequence alignment — In bioinformatics, a sequence alignment is a way of arranging the sequences of DNA, RNA, or protein to identify regions of similarity that may be a consequence of functional, structural, or evolutionary relationships between the sequences.[1]… …   Wikipedia

  • Multiple sequence alignment — A multiple sequence alignment (MSA) is a sequence alignment of three or more biological sequences, generally protein, DNA, or RNA. In many cases, the input set of query sequences are assumed to have an evolutionary relationship by which they… …   Wikipedia

  • Structural alignment — is a form of sequence alignment based on comparison of shape. These alignments attempt to establish equivalences between two or more polymer structures based on their shape and three dimensional conformation. This process is usually applied to… …   Wikipedia

  • BLAST — Basic Local Alignment Search Tool Pour les articles homonymes, voir Blast. BLAST …   Wikipédia en Français

  • Blast (bioinformatique) — Basic Local Alignment Search Tool Pour les articles homonymes, voir Blast. BLAST …   Wikipédia en Français

  • BLAST — Basic Local Alignment Search Tool (Computing » Software) * Building Local Agricultural Systems Today (Miscellaneous » Farming) * Bodies Learning About Startling Topics (Community » Educational) * Basic Local Alignment And Sequencing Tool… …   Abbreviations dictionary

  • BLAST — Infobox Software name=BLAST developer=Myers, E., Altschul S.F., Gish W., Miller E.W., Lipman D.J., NCBI latest release version=2.2.18 operating system=UNIX, Linux, Mac, MS Windows genre=Bioinformatics tool license=Public Domain website=… …   Wikipedia

  • BLAST-Algorithmus — BLAST (Abk. für engl. Basic Local Alignment Search Tool) ist der Überbegriff für eine Sammlung der weltweit am meisten genutzten Programme zur Analyse biologischer Sequenzdaten. BLAST wird dazu verwendet, experimentell ermittelte DNA oder Protein …   Deutsch Wikipedia

Share the article and excerpts

Direct link
Do a right-click on the link above
and select “Copy Link”