Rhodophyta (classification phylogenetique)

Rhodophyta (classification phylogénétique)

Cette page a pour objet de présenter un arbre phylogénétique des Rhodophyta (ou Rhodobionta, ou Rhodophytes, ou encore Algues rouges), c'est-à-dire un cladogramme mettant en lumière les relations évolutives complexes (relations groupes ancestraux - groupes descendants) existant entre les différents organismes vivants ou taxa, constituant ce groupe. Du fait de ses méthodes nouvelles basées sur la biologie moléculaire, la phylogénie, science récente à l'origine de la classification phylogénétique du vivant, est en plein essor et propose parfois des résultats en contradiction avec l'ancienne classification, majoritairement basée, elle, sur des critères morphologiques et physiologiques. Aussi, certains points particuliers font parfois encore l'objet de débats au sein de la communauté scientifique. L'objectif, s'il y a lieu, est également de présenter ces derniers ici. Ce cladogramme présente aussi bien les groupes encore représentés aujourd'hui que ceux qui sont éteints (incluant les groupes fossiles). À la suite d'un taxon, sa période d'apparition, quand elle est connue, peut être indiquée suivant la légende suivante : (Plé) : Pléistocène ; (Pli) : Pliocène ; (Mio) : Miocène ; (Oli) : Oligocène ; (Éoc) : Éocène ; (Pal) : Paléocène ; (Cré) : Crétacé ; (Jur) : Jurassique ; (Tri) : Trias ; (Per) : Permien ; (Car) : Carbonifère ; (Dév) : Dévonien ; (Sil) : Silurien ; (Ord) : Ordovicien ; (Camb) : Cambrien. De plus, pour plus de précisions si possible, (-) : inférieur ; (~) : moyen ; (+) : supérieur. Le symbole ▲ renvoie à la partie immédiatement supérieure de l'arbre phylogénétique du vivant. Le signe ► renvoie à la classification phylogénétique du groupe considéré. Arbre phylogénétique L'arbre ci-dessous (résumé et développé) suit le « Tree of Life Web Project »[1] pour les Floridéophycées, modifié et augmenté selon les classifications proposées par Saunders et Hommersand, 2004, et Yoon, 2003 et 2006, et les phylogénies sur lesquelles ils s'appuient, pour les niveaux supérieurs à la famille (voir plus bas dans cette page). Dans l'arbre développé, les familles sont, sauf exception, simplement listées et non pas encore classées phylogénétiquement, là où il y en a plus de deux dans le même ordre. Arbre résumé ▲ └─o Rhodophyta ├─o Cyanidiophytina └─o Rhodophytina ├─o Porphyridiophyceae ├─o Stylonematophyceae ├─o Compsogonophyceae └─o ├─o Rhodellophyceae └─o Eurhodophytina ├─o Bangiophyceae └─o Florideophyceae ├─o Hildenbrandiophycidae └─o ├─o Nemaliophycidae └─o ├─o Ahnfeltiophycidae └─o Rhodymeniophycidae Arbre développé Arbre développé ▲ └─o Rhodophyta ├─? Moniliporellaceae (éteint) ├─o Cyanidiales │ ├─o Cyanidiaceae │ └─o Galdieriaceae └─o Rhodophytina ├─o Porphyridiales ├─o Stylonematales ├─o Compsogonophyceae │ ├─o Compsopogonales │ │ ├─o Compsopogonaceae │ │ └─o Boldiaceae │ └─o │ ├─o Erythropeltidales ou Erythrotrichiaceae │ └─o Rhodochaetales └─o ├─o Rhodellales └─o Eurhodophytina ├─o Bangiales └─o Florideophyceae ├─o Hildenbrandiales └─o ├─o Nemaliophycidae │ ├─? Balbianiales │ ├─? Balliales │ ├─? Thoreales │ ├─? Colaconematales │ ├─o │ │ ├─o Rhodogorgonales │ │ └─o Corallinales │ │ ├─o Corallinaceae │ │ └─o Sporolithaceae │ └─o │ ├─o Acrochaetiales │ ├─o Batrachospermales │ │ ├─o Batrachospermaceae │ │ ├─o Lemaneaceae │ │ └─o Psilosiphonaceae │ ├─o Nemaliales │ │ ├─o Galaxauraceae │ │ └─o Liagoraceae │ └─o Palmariales │ ├─o Rhodothamniellaceae │ └─o │ ├─o Rhodophysemataceae │ └─o Palmariaceae └─o ├─o Ahnfeltiophycidae │ ├─o Ahnfeltiales │ └─o Pihiellales └─o Rhodymeniophycidae ├─o Bonnemaisoniales │ ├─o Bonnemaisoniaceae │ └─o Naccariaceae ├─o Ceramiales │ ├─o Ceramiaceae │ └─o │ ├─o Dasyaceae │ ├─o Delesseriaceae │ └─o Rhodomelaceae │ ├─o Bostrychioideae │ ├─o Rhodomeloideae │ └─o Polysiphonioideae ├─o Gelidiales │ ├─o Gelidiaceae │ └─o Gelidiellaceae ├─o Nematostomatales │ ├─o Nematostomataceae │ └─o Schizymeniaceae ├─o Rhodymeniales │ ├─o Champiaceae │ ├─o Faucheaceae │ ├─o Lomentariaceae │ └─o Rhodymeniaceae ├─o Gracilariales │ ├─o Gracilariaceae │ └─o Pterocladiophilaceae ├─o Halymeniales │ ├─o Halymeniaceae │ ├─o Sebdeniaceae │ └─o Tsengiaceae ├─o Plocamiales │ ├─o Plocamiaceae │ ├─o Pseudoanemoniaceae │ └─o Sarcodiaceae └─o Gigartinales ├─o Acrosymphytaceae ├─o Acrotylaceae ├─o Areschougiaceae ├─o Blinksiaceae ├─o Calosiphoniaceae ├─o Caulacanthaceae ├─o Corynocystaceae ├─o Cruoriaceae ├─o Cubiculosporaceae ├─o Cystocloniaceae ├─o Dicranemataceae ├─o Dumontiaceae ├─o Endocladiaceae ├─o Furcellariaceae ├─o Gainiaceae ├─o Gigartinaceae ├─o Gloiosiphoniaceae ├─o Haemeschariaceae ├─o Kallymeniaceae ├─o Mychodeaceae ├─o Mychodeophyllaceae ├─o Nizymeniaceae ├─o Petrocelidaceae ├─o Peyssonneliaceae ├─o Phacelocarpaceae ├─o Phyllophoraceae ├─o Polyideaceae ├─o Rhizophyllidaceae ├─o Rissoellaceae ├─o Schmitziellaceae ├─o Solieriaceae ├─o Sphaerococcaceae └─o Tichocarpaceae   Débat scientifique relatif à la phylogénie des Rhodophyta Éclatement des anciennes Bangiophycées Au fil des analyses moléculaires, l'ancien taxon des Bangiophycées, qui comprenait toutes les Rhodophytes autres que les Floridéophycées, a montré son caractère totalement paraphylétique. La position relative, à la base des Rhodophytines sensu Yoon, des clades des Compsopogonophycées, des Porphyridiales, des Stylonématales, voire des Rhodellales, n'est pas encore claire. En passant en revue les données phylogénétiques publiées auparavant, Saunders et Hommersand (2004)[2] proposent de redéfinir les relations entre les taxons, en se concentrant sur les taxons de niveaux supérieurs à l'ordre. Classification et arbre phylogénétique selon Saunders et Hommersand, 2004 └─o sous-règne Rhodoplantae ├─o embranchement Cyanidiophyta │ └─o classe Cyanidiophyceae └─o embranchement Rhodophyta ├─o sous-embranchement Rhodellophytina (vraisemblablement paraphylétique) │ └─o classe Rhodellophyceae │ ├─o ordre "Porphyridiales 1" (Rhodella) │ ├─o ordre Stylonematales │ │ └─o famille Stylonemataceae │ └─o ordre Porphyridiales ├─o sous-embranchement Metarhodophytina │ └─o classe Compsopogonophyceae │ ├─o ordre Compsopogonales │ │ ├─o famille Boldiaceae │ │ └─o famille Compsopogonaceae │ └─o │ ├─o ordre Erythropeltidales │ │ └─o famille Erythrotrichiaceae │ └─o ordre Rhodochaetales │ └─o famille Rhodochaetaceae └─o sous-embranchement Eurhodophytina ├─o classe Bangiophyceae │ └─o ordre Bangiales └─o classe Florideophyceae ├─o sous-classe Hildenbrandiophycidae │ └─o ordre Hildenbrandiales └─o ├─o sous-classe Nemaliophycidae │ ├─o ordre Acrochaetiales │ ├─o ordre Balbianiales │ ├─o ordre Balliales │ ├─o ordre Batrachospermales │ │ ├─o famille Batrachospermaceae │ │ ├─o famille Lemaneaceae │ │ └─o famille Psilosiphonaceae │ ├─o ordre Colaconematales │ ├─o ordre Corallinales │ │ ├─o famille Corallinaceae │ │ └─o famille Sporolithaceae │ ├─o ordre Nemaliales │ │ ├─o famille Galaxauraceae │ │ └─o famille Liagoraceae │ ├─o ordre Palmariales │ │ ├─o famille Palmariaceae │ │ ├─o famille Rhodophysemataceae │ │ └─o famille Rhodothamniellaceae │ ├─o ordre Rhodogorgonales │ └─o ordre Thoreales └─o ├─o sous-classe Ahnfeltiophycidae │ ├─o ordre Ahnfeltiales │ └─o ordre Pihiellales └─o sous-classe Rhodymeniophycidae ├─o ordre Bonnemaisoniales │ ├─o famille Bonnemaisoniaceae │ └─o famille Naccariaceae ├─o ordre Ceramiales │ ├─o famille Ceramiaceae │ ├─o famille Dasyaceae │ ├─o famille Delesseriaceae │ └─o famille Rhodomelaceae ├─o ordre Gelidiales ├─o ordre Gigartinales │ ├─o famille Acrosymphytaceae │ ├─o famille Acrotylaceae │ ├─o famille Areschougiaceae │ ├─o famille Blinksiaceae │ ├─o famille Calosiphoniaceae │ ├─o famille Caulacanthaceae │ ├─o famille Corynocystaceae │ ├─o famille Cruoriaceae │ ├─o famille Cubiculosporaceae │ ├─o famille Cystocloniaceae │ ├─o famille Dicranemataceae │ ├─o famille Dumontiaceae │ ├─o famille Endocladiaceae │ ├─o famille Furcellariaceae │ ├─o famille Gainiaceae │ ├─o famille Gigartinaceae │ ├─o famille Gloiosiphoniaceae │ ├─o famille Haemeschariaceae │ ├─o famille Kallymeniaceae │ ├─o famille Mychodeaceae │ ├─o famille Mychodeophyllaceae │ ├─o famille Nizymeniaceae │ ├─o famille Petrocelidaceae │ ├─o famille Peyssonneliaceae │ ├─o famille Phacelocarpaceae │ ├─o famille Phyllophoraceae │ ├─o famille Polyideaceae │ ├─o famille Rhizophyllidaceae │ ├─o famille Rissoellaceae │ ├─o famille Schmitziellaceae │ ├─o famille Solieriaceae │ ├─o famille Sphaerococcaceae │ └─o famille Tichocarpaceae ├─o ordre Gracilariales │ ├─o famille Gracilariaceae │ └─o famille Pterocladiophilaceae ├─o ordre Halymeniales │ ├─o famille Halymeniaceae │ ├─o famille Sebdeniaceae │ └─o famille Tsengiaceae ├─o ordre Nematostomatales │ ├─o famille Nematostomataceae │ └─o famille Schizymeniaceae ├─o ordre Plocamiales │ ├─o famille Plocamiaceae │ ├─o famille Pseudoanemoniaceae │ └─o famille Sarcodiaceae └─o ordre Rhodymeniales ├─o famille Champiaceae ├─o famille Faucheaceae ├─o famille Lomentariaceae └─o famille Rhodymeniaceae   Les termes de Rhodoplantae ou de Rhodobiota (Rhodobiontes) proposés assez récemment par certains auteurs sont discutés. La dernière phylogénie en date propose de ne retenir que le terme de Rhodophyta (Rhodophytes) pour l'embranchement, avec deux sous-embranchements : Cyanidiophytina et Rhodophytina (Yoon et al., 2006[3]). Ce travail est basé sur l'analyse des séquences de deux gènes chloroplastiques (psaA et rbcL) dans 48 espèces et de 7 autres séquences (psaB, psbA, psbC, psbD, tufA, 18SrADN et 16SrADN) dans un nombre de taxons plus restreint. Classification phylogénétique selon Yoon et al., 2006 └─o règne Eukaryota └—o embranchement Rhodophyta Wettstein 1901 ├─o sous-embranchement Cyanidiophytina H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 │ └-o classe Cyanidiophyceae Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981 │ └———o ordre Cyanidiales Christensen 1962 │ ├—o famille Cyanidiaceae Geitler 1935 │ └—o famille Galdieriaceae Merola, Castaldo, De Luca, Gambardella, Musacchio et Taddei 1981 │ └—o sous-embranchement Rhodophytina ├-o classe Bangiophyceae Wetstein 1901 │ └———o ordre Bangiales Nägeli 1847 │ └—o famille Bangiaceae Engler 1892 │ ├-o classe Compsopogonophyceae G.W. Saunders et Hommersand 2004 │ ├———o ordre Compsopogonales Skuja 1939 │ │ ├—o famille Boldiaceae Herndon 1964 │ │ └—o famille Compsogonaceae Schmitz in Engler et Prantl 1896 │ │ │ ├———o ordre Erythropeltidales Garbary, Hansen et Scagel 1980 │ │ └—o famille Erythrotrychiaceae G.M. Smith 1933 │ │ │ └———o ordre Rhodochaetales Bessey 1907 │ └—o famille Rhodochaetaceae Schmitz in Engler et Prantl 1896 │ ├-o classe Florideophyceae Cronquist 1960 (non détaillée dans l'article) │ ├—o classe Porphyridiophyceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 │ └—──o ordre Porphyridiales Kylin ex Skuja 1939 │ └—o famille Porphyridiaceae Skuja 1939 │ ├—o classe Rhodellophyceae Cavalier-Smith 1998 │ └───o ordre Rhodellales H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 │ └—o famille Rhodellaceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 │ └—o classe Stylonematophyceae H.S. Yoon, K.M. Müller, R.G. Sheath, F.D. Ott et D. Bhattacharya 2006 └───o ordre Stylonematales Drew 1956 └—o famille Stylonemataceae Drew 1956   Position des Rhodophyta dans l'arbre des Eucaryotes Deux hypothèses différentes existent. Selon, entre autres, Moreira et al. (2000)[4], les Rhodophyta (qu'ils nomment Rhodobionta) sont le taxon-frère des Chlorobionta et ces deux groupes forment les Metabionta. Selon Van de Peer & De Wachter (1997)[5], Nozaki et al. (2003[6], 2005), Yoon et al. (2002[7] et 2004[8]), les Rhodophyta ne sont pas le groupe-frère des plantes vertes, et seraient à la base d'un vaste taxon comprenant des groupes précédemment rattachés aux protistes ainsi que les Straménopiles. Arbre phylogénétique simplifié selon Nozaki et al., 2003 └─o Plantae ├─o Rhodophyta └─o ├─o Glaucophyta └─o ├─o Viridiplantae └─o ├─o Discicristata │ ├─o Heterolobosea │ └─o │ ├─o Kinetoplastida │ └─o Euglenozoa └─o Chromalveolata ├─o Heterokontophyta └─o Alveolata ├─o Apicomplexa └─o Ciliophora   En savoir plus Notes et références ↑ (en) Freshwater, D. Wilson (2000) Florideophyceae. Version 24 March 2000 http://tolweb.org/Florideophyceae/21781/2000.03.24 in The Tree of Life Web Project ↑ (en) Saunders, Gary W., Hommersand, Max H. (2004) Assessing red algal supraordinal diversity and taxonomy in the context of contemporary systematic data. Am. J. Bot. 91: 1494-1507 ↑ (en) Yoon, Hwan Su, Müller, Kirsten M., Sheath, Robert G., Ott, Franklyn D., Bhattacharya, Debashish (2006) Defining the major lineages of red algae (Rhodophyta). J. Phycol. 42: 482-492 ↑ (en) Moreira, David, Le Guyader, Hervé, Philippe, Hervé (2000) The origin of red algae and the evolution of chloroplasts. Nature 405: 69-72 ↑ (en) Van de Peer, Yves, De Wachter, Ruppert (1997) Evolutionary relationships among the eucaryotic crown taxa taking into account site-to-site rate variation in 18S rRNA. J Mol Evol 45: 619-630 ↑ (en) Nozaki, Hisayoshi, Matsuzaki, Motomichi, Takahara, Manabu, Misumi, Osami, Kuroiwa, Haruko, Hasegawa, Masami, Shin-i, Tadasu, Kohara, Yuji, Naotake, Ogasawara, Kuroiwa, Tsuneyoshi (2003) The phylogenetic position of Red Algae revealed by multiple nuclear genes from mitochondria-containing eukaryotes and an alternative hypothesis on the origin of plastids J Mol Evol 56: 485-497 ↑ (en) Yoon, Hwan Su, Hackett, Jeremiah D., Pinto, Gabriele et Bhattacharya, Debashish (2002) The single, ancient origin of chromist plastids, PNAS 99 (24): 15507-15512 ↑ (en)Yoon, Hwan Su, Hackett, Jeremiah D., Ciniglia, Claudia, Pinto, Gabriele, Bhattacharya, Debashish (2004) A Molecular Timeline for the Origin of Photosynthetic Eukaryotes, Mol. Biol. Evol. 21(5):809-818 Autres sources bibliographiques Cabioc'h, J., Floc'h, J.-Y., Le Toquin, A., Boudouresque, C.F., 2006. Guide des algues des mers d'Europe, Delachaux et Niestlé (éd.). ISBN 260301384X. Sources internet Algaebase.org Catalogue of the Benthic Marine Algae of the Indian Ocean Liens internes Rhodophyta Eukaryota (classification phylogénétique) Archaeplastida (classification phylogénétique) Arbre phylogénétique Photo-guide taxinomique de la faune et de la flore sous-marine Photo-guide taxinomique du monde végétal Répertoire général des ressources en botanique

Laurencia sp. (Florideophyceae, Ceramiales, Rhodomelaceae) Chondrus crispus (A-D) et Gigartina mamillosa (E-F) (Florideophyceae, Gigartinales, Gigartinaceae)

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