Orientation bibliographique en microbiologie

Sommaire taxinomique par ordre alphabétique : Eubacteria - Archaea - Eukaryotes unicellulaires - Virus, et Voir aussi Actinopoda Acantharea - Actinopoda Heliozoa - Actinopoda Radiolaria - Alveolata - Amoebozoa - Apicomplexa - Bacillariophyta - Chlorarachniophyta - Choanoflagellata - Chromista - Ciliata - Cryptophyta - Dinoflagellata - Écologie microbienne - Euglenozoa - Excavata - Foraminifera - Glaucophyta - Haptophyta - Metamonada - Microsporidia - Mycetozoa - Mycota - Oomycota - Parabasalia - Percolozoa - Rhizaria - Rhizopoda - Sommaire géographique et écologique Europe - Moyen-Orient - Asie - Afrique - Amérique du Nord - Amérique centrale - Amérique du Sud - Régions polaires - Eaux douces - Milieu océanique - Plancton - Extrêmophiles

Introduction

Cette page n'a ni la prétention ni pour objet de proposer une liste exhaustive des références relatives à la microbiologie, une telle entreprise serait, bien-entendu, sans fin... Son ambition est de présenter une liste d'ouvrages, de publications ou de sites internet reconnus par la communauté scientifique comme incontournables ou majeurs, qu'ils soient généraux ou plus ciblés. Pour les sujets comportant une liste de références trop importante, se reporter aux éventuelles sous-pages plus spécialisées via les liens proposés. Le second objectif de cette page est, pour chaque groupe, d'en présenter les grandes lignes historiques de la littérature ainsi que d'en citer les auteurs ayant le plus de notoriété. Pour des références se rapportant plus spécifiquement à l'évolution, consulter la page Orientation bibliographique sur l'origine et l'évolution du vivant.

REFERENCE :         Référence_scientifique_majeure     -        Référence scientifique majeure     -        Vulgarisation particulièrement excellente

Escherichia coli (Proteobacteria, Enterobacteriaceae)

Foraminifères benthiques. Dans le sens des aiguilles d'une montre depuis en-haut à gauche : Ammonia beccarii, Elphidium excavatum clavatum, Buccella frigida, et Eggerella advena (Foraminifera)

Isotricha intestinalis (Ciliata)

Diatomées marines

Plasmodium sp. (Plasmodiidae), agent du paludisme

Microbiologie générale

Bibliographie

• Prescott, L.M., Harley, J.P., Klein, D.A., 2003. Microbiologie. De Boeck (ed).
• Madigan M.T. and Martinko J.M., 2001. Brock Biology of Microorganisms. Prentice Hall (ed).
• ...

Sites internet

• American Society for Microbiology (ASM), regroupant plus de 43 000 microbiologistes
• Federation of European Microbiological Societies (FEMS), l'équivalent européen de l'ASM
• MicrobeWiki

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Microbiologie médicale

Bibliographie

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Sites internet

• Dictionnaire de Bactériologie Vétérinaire
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Biologie et biochimie microbienne

Bibliographie

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Sites internet

• Integrated Microbial Genomes, accès à l'ensemble des génomes microbiens séquencés
• Cours en français sur la photosynthèse
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Références par groupes

Articles détaillés : Eubacteria (classification phylogénétique), Eukaryota (classification phylogénétique) et Archaea (classification phylogénétique).

Eubacteria

Bibliographie

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Sites internet

• List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
• Prokaryotic Phylogeny
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Archaea

Bibliographie

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Sites internet

• List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature
• Prokaryotic Phylogeny
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Eukaryotes unicellulaires (en général)

Bibliographie

• Patterson, D., 1996. Free-Living Freshwater Protozoa : A Colour Guide. ASM Press (ed.).
• Puytorac (de), P., Grain, J., Mignot, J.P., 2006. Précis de protistologie. Lubrecht & Cramer Ltd (éd.). 581 p. ISBN 2850040495; ISBN 978-2850040498.
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Sites internet

Micro*Scope est la source d'images de protistes la plus riche à l'heure actuelle.

• Diversité et phylogénie des microorganismes Eucaryotes : Cours
• Micro*Scope
• Protsville
• Protist Information Server

Algues unicellulaires

Algaebase représente aujourd'hui LA référence en matière de taxonomie des microalgues.

• Algaebase
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Alveolata

Bibliographie

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Sites internet

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Ciliata

Bibliographie

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Sites internet

• The Ciliate Resource Archive
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Dinoflagellata

Bibliographie

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Sites internet

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Apicomplexa

Bibliographie

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Sites internet

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Chromista

Bibliographie

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Sites internet

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Oomycota

Bibliographie

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Sites internet

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Bacillariophyta

Bibliographie

• Loir, M., 2004. Guide des diatomées. Delachaux et Niestlé (éd.).
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Sites internet

• Algaebase
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Cryptophyta

Bibliographie

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Sites internet

• Algaebase
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Haptophyta

Bibliographie

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Sites internet

• Algaebase
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Rhizaria

Bibliographie

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Sites internet

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Actinopoda - Acantharea

Bibliographie

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Sites internet

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Actinopoda - Heliozoa

Bibliographie

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Sites internet

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Actinopoda - Radiolaria

Bibliographie

• Bykhovsky, B.E., 1971. Radiolaria of the World Ocean. Pensoft (ed.), 420 pp. (en russe)
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Sites internet

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Foraminifera

Bibliographie

• Sen Gupta, B.K., 1999, 2002. Modern Foraminifera. Kluwer Academic Publishers (ed.), 371 pp. ISBN 0412824302 (1999); ISBN 1402005989 (2002).
• Murray, J., 2006. Ecology and Applications of Benthic Foraminifera. Cambridge University Press (ed.), 426 pp. ISBN 0521828392.

Sites internet

• The Journal of Foraminiferal Research
• Laboratoire des Bio-Indicateurs Actuels et Fossiles (univ. d'Angers)
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Chlorarachniophyta

Bibliographie

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Sites internet

• Algaebase
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Excavata

Bibliographie

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Sites internet

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Euglenozoa

Bibliographie

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Sites internet

• The Euglenoid Project
• Algaebase
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Parabasalia

Bibliographie

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Sites internet

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Metamonada

Bibliographie

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Sites internet

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Percolozoa

Bibliographie

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Sites internet

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Glaucophyta

Bibliographie

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Sites internet

• Algaebase
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Amoebozoa

Bibliographie

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Sites internet

• Molecular phylogeny of amoeboid protists (Université de Genève)
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Rhizopoda

Bibliographie

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Sites internet

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Mycetozoa

Bibliographie

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Sites internet

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Mycota

Bibliographie

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Sites internet

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Microsporidia

Bibliographie

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Sites internet

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Choanoflagellata

Bibliographie

• Leadbeater, B., Thomsen, H., 2000. Order choanoflagellida. In « An Illustrated Guide to the Protozoa », by Leadbeater, B. and Thomsen, H. Society of Protozoologists, Lawrence (ed.), 14-38.
• Leadbeater, B., Kelly, M., 2001. Evolution of animals choanoflagellates and sponges. Water and Atmosphere Online, 9 (2) : 9-11.
• Nerad, A., Daggett, P., 1992. Cultivation of Choanoflagellates. In « Protocols In Protozoology », by Nerad, A. and Daggett, P. Society of Protozoologists, Lawrence (ed.), A-20.1-A-20.4.

Sites internet

• Animation of Choanoflagellates
• Tree of Life Web Project : Choanoflagellates
• The King Lab : Choanoflagellates and the origin of animals

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Virus

Bibliographie

• Boyer, M., Yutin, N., Pagnier, I., Barrassi, L., Fournous, G., Espinosa, L., Robert, C., Azza, S., Sun, S., Rossmann, M.G., Suzan-Monti, M., La Scola, B., Koonin, E.V., Raoult, D. : Giant Marseillevirus highlights the role of amoebae as a melting pot in emergence of chimeric microorganisms. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2009 (pdf)
• Raoult, D., 2006. Mimivirus : le plus gros des virus. Pour la Science, janvier 2006, p54-59.
• Pierre Ardoin : Virus et diagnostic virologique. Paris, Maloine Éditeur, 1983, 997p.
• Thierry Borrel : Les Virus. Diversité et organisation du monde viral. Interactions avec le vivant. Nathan Université, Paris, 1996.
• Gessain A., Manuguerra J.C. : Les virus émergents. Collection « Que sais-je ? », Presses Universitaires de France, 2006.

Sites internet

• All the Virology on the www
• International Committee on Taxonomy of Viruses (ICTV)
  • Index alphabétique officiel des virus, d'après l'ICTV
• Généralités en virologie : notes de cours proposées par deux étudiants de la faculté de La Rochelle (France). Version du 12/03/2003.
• Principes actuels de classification des virus : extraits de cours de microbiologie, par Anne Decoster et al., de la faculté libre de médecine de Lille (France). Version du 22/05/2002.

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Références par zone géographiques

Europe

Bibliographie

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Sites internet

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Moyen-Orient - Asie

Bibliographie

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Sites internet

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Afrique

Bibliographie

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Sites internet

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Amérique du Nord

Bibliographie

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Sites internet

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Amérique centrale et du Sud

Bibliographie

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Sites internet

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Régions polaires

Bibliographie

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Sites internet

• Antarctic Protist Culture Collection (Woods Hole Oceano. Inst.)
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Écologie microbienne générale

Bibliographie

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Sites internet

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Eaux douces

Bibliographie

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Sites internet

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Milieu océanique

Bibliographie

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Sites internet

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Plancton

Bibliographie

• C. S. Reynolds, 2006. The Ecology of Phytoplankton (Ecology, Biodiversity and Conservation). Cambridge University Press (May 29, 2006), 550 pp. ISBN 0521605199; ISBN 978-0521605199.
• Tomas, C. (ed.), 1997, Identifying Marine Phytoplankton,, Academic Press, San Diego
• Horner, R.A., 2002, A taxonomic guide to some common marine phytoplankton, Biopress limited

Sites internet

• PlanktonNet (Images de nombreuses espèces de plancton)
• Plankton Web
• ...

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Extrêmophiles

Bibliographie

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Sites internet

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Voir aussi

Liens internes

• Bactérie - Archaea - Eukaryota - Protista
• Eubacteria (classification phylogénétique) - Eukaryota (classification phylogénétique) - Archaea (classification phylogénétique)

Liens externes

• Bibliothèque centrale du Muséum national d'histoire naturelle (Paris)
• Bibliothèque du Natural History Museum (Londres)
• Bibliothèque de l' American Museum of Natural History (New York)
• Médiathèque de la Cité des Sciences et de l'Industrie (Paris)
• NHBS Library
• Éditions Delachaux et Niestlé

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Orientations bibliographiques en sciences de la vie
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